Agjencia e Barnave dhe Pajisjeve Mjekësore implementon projekt për integrimin e sistemit informativ. Projekti plotësisht është implementuar ndërsa në përdorim është lëshuar në fund të vitit 2018.
Qëllimi i këtij projekti është që të mundësohet mënyra më e shpejtë dhe më e lehtë për punë të operatorëve ekonomik me Agjencinë, me cka procedurat për marrjen e zgjidhjeve për regjistrimin e barnave dhe pajisjeve mjekësore do të realizohen përmes këtij sistemi në të ardhmen.
Gjithashtu Agjencia zbaton edhe projektin për sistemin Kombëtar për farmakovigilancën. Ky projekt plotësisht është realizuar dhe është lëshuar në përdorim ka fundi i vitit 2018
Qëllimi i këtij projekti është që të mundësohet sistem përmes të cilit do t’u jepet mundësia të gjithë qytetarëve dhe të gjithë personelit mjekësor në Republikën e Maqedonisë së Veriut, mjet me të cilin mund të kryhet raportimi i efekteve anësore të të gjitha barnave mjekësore në territorin e Republikës së Maqedonisë së Veriut. Projekti është hartuar në përputhje me procedurat dhe standartet më të reja që përdoren në Bashkimin Evropian.
Agjencia gjithashtu po investon fonde për përmirësimin e gjendjes me pajisjet informative me të cilën disponon, në mënyrë që të sigurohet shërbimi më i shpejtë dhe më efikas tek operatorët ekonomik që i shfrytëzojnë shërbimet e tyre.