Согласно Член 5 од Законот за лекови и медицински средства во надлежност на Агенцијата спаѓа и издавање одобренија и/или известувања за клинички испитувања на лекови, водење на регистар за клинички испитувања издавање одобренија и/или известувања за клинички испитувања на медицински помагала, вршење анализа и оценување на сигурноста и несаканите ефекти врз испитаниците во клиничките испитувања и:вршење на инспекциски надзор над клиничките испитувања, несаканите дејства и неисправноста на лекот.
Во Агенцијата се формира Комисија за клинички испитувања на лекови и медицински средства која претставува постојана стручно – советодавна комисија. Комисиите се стручно независни и самостојни во рамките на својот делокруг на работа и работат врз основа на деловник за нивната работа.