Согласно Член 6 од Законот за лекови и медицински средства Директорот на Агенцијата врз основа на критериумите од членот 50 на законот ги овластува акредитираните лаборатории за спроведување на аналитички испитувања и контрола на квалитетот на лековите. Во тек е постигнување на договор со двете акредитирани лаборатории во Република Македонија:
1) Лабораторијата за контрола на лекови при Институтот за Јавно здравје во Скопје, која е акредитирана по ISO 17025 и
2) Центарот за испитување и контрола на лекови при Фармацевтскиот факултет во Скопје, кој покрај тоа што има воведено систем на квалитет 17025 и е член на OMCL европската мрежа.