На  чело на Агенцијата за лекови и медицински средства-МАЛМЕД стои директор кој е одговорен за нејзиното работење, истата ја претставува и го координира работењето на нејзините организациски единици.
Организациската поставеност на Агенцијата е следна:

  1. Одделениe за внатрешна ревизија
  2. Одделение за управување со човечки ресурси
  3. Одделение за финансиски прашања
  4. Сектор за информации за лекови и медицински средства
    • Одделение за фармаковигиланца и материовигиланца
    • Одделение за фармакоекономски и фармакоепидемиолошки мислења
  5. Сектор за проценка на документацијата за ставање на лекови и медицински средства во промет
    • Одделение за хумани лекови
    • Одделение за медицински средства
  6. Сектор за правни и општи работи, информатичка поддршка и административно-технички работи
    • Одделение за правни и општи и административно-технички работи
    • Одделение за информатичка поддршка
  7. Секторот за инспекциски надзор
    • Одделение за инспекциски надзор од областа на лековите и медицинските средства
    • Одделение за лиценцирање на лековите и медицинските средства